Se fundó este convento en 1490 por doña Isabel León Farfán, bajo la advocación de San Juan Bautista y la Visitación de Nuestra Señora a su prima Santa Isabel en la collación de San Marcos.
Fue erigido el convento por religiosas de la Orden de San Juan, por ser el hijo de la fundadora fray Antonio de Peñalver, Comendador de la Orden en Fregenal y Alcobea, estando entre los fines del convento tejer lienzos con los que surtir a los peregrinos que se desplazaban a Tierra Santa. Quedando de la época de su construcción un pequeño claustro de estilo mudéjar.
En 1835, a consecuencia de la Desamortización de Mendizábal, el convento fue convertido en cárcel de mujeres, para más tarde transformarse en Instituto de jóvenes arrepentidas, bajo la tutela de las monjas pertenecientes a la Comunidad de Felipe Neri.
Cabe destacar en el convento obras de artes como su gran retablo mayor, realizado por el insigne cordobés Juan de Mesa en 1624, otro retablo diseñado por Juan de Oviedo y que actualmente tiene un gran Cristo realizado por Juan de Mesa en 1622, estando ocupado antes por un cuadro de Francisco Pacheco, titulado <<El Juicio Universal>>, que fue expoliado por el Mariscal francés Soult, o mejor dicho, robado en 1810. Sin olvidarnos de su espadaña, de bellas proporciones y gran elegancia de estilo manierista, decorada con azulejos de varios colores.
