Se fundó el Monasterio de San Clemente como agradecimiento del rey Fernando III por la Conquista de Sevilla el 23 de noviembre de 1248, bautizado con el nombre del Santo por celebrarse ese día la festividad del mismo. Este convento se instaló en las casas de la huerta de Pedro Ruiz, un rico hacendado de la época, las que estaban situadas en la puerta de Bid-Ragel de la Almenilla, encargándose de organizar el funcionamiento del convento el Arzobispo don Remondo.
San Clemente, al convertirse en uno de los monasterios principales y más querido de Sevilla, recibió muchísimos privilegios de Reyes y personas acaudaladas que le permitieron acumular grandes riquezas, formando un inmenso patrimonio en fincas rústicas y urbanas, del que se afirma que llegó a ser una de las instituciones más ricas de Sevilla durante bastantes años.
Con la invasión napoleónica de 1811, se desalojó a las monjas del convento, destruyéndose parte del mismo y salvándose gracias a Dios la Iglesia, que fue utilizada como otras de cuadra y almacén. Volvieron las monjas el 7 de Octubre de 1812, en medio de una gran alegría por los vecinos de sus calles y de Sevilla entera.
En el convento está enterrada doña María de Portugal, la cual falleció el 18 de Enero de 1357, esposa de Alfonso XI y madre de Pedro I el Justiciero, de la que cuenta la leyenda que, para que le reconociera como legítima esposa a ella y no a Leonor de Guzmán, amante del marido, ordenó que sobre su tumba se pusiera un brocado rojo y la corona Real, lo que se efectuó a sus deseos, encontrándose también enterradas las Infantas doña Berenguela, hija de Alfonso X el Sabio, dońa Beatriz y doña Leonor, hijas del rey Enrique II. Un convento lleno de historia, que lamentablemente un montón de jóvenes historiadores de la Capital Hispalense ni siquiera conocen.
