Fue el Arzobispo de Sevilla, don Fernando de Valdés quien fundó en el siglo XVI la piadosa institución llamada "Amparo de María Santísima y San José", cuya finalidad era la de acoger niños expositos, los que por desgracia en aquellas fechas abundaban. De esa institución le viene el nombre a la maravillosa Virgen del Amparo de la Magdalena, obra atribuida al afamado escultor flamenco Roqué Balduque en el citado siglo.
Es nuestra Señora del Amparo una imagen que ha contado a lo largo de los siglos con destacados devotos, como el Arzobispo don Jaime de Palafox y Cardona o los Duques de Montpensier.
Las primitivas reglas estipulaban que la Hermandad celebraría su fiesta principal el día de la Expectación de Nuestra Señora el 18 de Diciembre, siendo trasladada al poco tiempo a la fiesta del Patrocinio de la Santísima Virgen, el segundo Domingo de Noviembre.
Ocurrió algo curioso el 1 de Noviembre de 1755, fecha del gran terremoto de Lisboa, el que causó bastantes estragos en diversas zonas de Sevilla, y sin embargo en la Magdalena no hubo daños considerables, lo que hizo pensar a la gente, que fue una muestra de protección de la Virgen del Amparo. Por esto, la Hermandad en unión del venerable clero parroquial, hizo un solemne voto por el que conjuntamente celebrarían a perpetuidad novena, función, procesión, vísperas y maitines, como también el de defender la entonces piadosa creencia de la Inmaculada Concepción.
